"Ну у тебя и .htaccess.." - А что конкретно не так?
"Вставь мою строчку сразу после RewriteEngine On." - не помогло.

Ну, я лично кое-что бы оптимизировал. Впрочем, каждому свой код больше нравится. Насчет твоего вопроса - похоже Apache после замены адреса делает "internal request" и заменяет все заново. Для отличия этих запросов можно применять, например, переменные окружения, но лучше, наверное, использовать то, что сам HTTP запрос остается неизменным... Попробуй так -
RewriteCond %{THE_REQUEST} (?:auth|article)\.php/?\ HTTP/\dПЛЮС\.\dПЛЮС$
RewriteRule $ /index.php? [L]

"Ну, я лично кое-что бы оптимизировал" - Что например?

RewriteCond %{THE_REQUEST} (?:auth|article)\.php/?\ HTTP/\d\.\d$
RewriteRule $ /index.php? [L]

Это уже работает. Т.е. я перехожу по miha.ru/auth.php и сервер возвращает интернал еггог. Но при переходе по miha.ru/auth.php?logout всё происходит нормально. Конечно, отчасти это из-за того, что есть ссылка, которая на это ссылается. Но переходит же по нечпушному адресу

Например - NC расшифровывается, как No Case. Зачем писать одновременно его и a-zA-Z ? Мой код, кстати, работает?

Блин, забыл про Query String. Вместо \.php\ нужно поставить \.php.*?\

ImIeee, да, работает теперь, спасибо.
P.S. Никода так не радовался 500-й ошибке.

Еще перед первой скобкой лучше поставить ^[^?]* чтобы не было ложных срабатываний, типа /auth/?file=auth.php С 500 - вообще хз, у меня ее нет. Надо будет полностью скопировать твой .htaccess

бывает же

В общем, ошибка выскакивает, только если .htaccess в корне. Нужно слегка изменить условие. Напишу сразу полный код:
RewriteCond %{THE_REQUEST}%{REQUEST_URI} ^[^?]ЗВЕЗДОЧКА?(?:auth|article|registration)\.php.ЗВЕЗДОЧКА?\ HTTP/\d\.\d/?(?!index\.php)
RewriteRule $ /index.php? [L]
Надеюсь, больше косяков нет.

Хотя, все же ошибки есть... Вот так -
RewriteCond %{THE_REQUEST}%{REQUEST_URI} ^[^?]ЗВЕЗДОЧКА?(?:auth|article|registration)
\.php.ЗВЕЗДОЧКА?\ HTTP/\d\.\d(?!/index\.php)
RewriteRule $ /index.php? [L]
Или вот - более оптимизированный вариант, но менять имена файлов нужно в двух строчках.
RewriteCond %{THE_REQUEST} ^[^?]ЗВЕЗДОЧКА?(?:auth|article|registration)\.php.ЗВЕЗДОЧКА?\ HTTP/\d\.\d$
RewriteRule (?:auth|article|registration)\.php/?$ /index.php? [L]

Жесть, спасибо. А есть какие-нибудь хорошие уроки/статьи по настройке .htaccess? К примеру, я не понимаю разницу между RewriteCond и RewriteRule. Нагуглить и сам могу что-нибудь, просто если есть проверенные источники, то лучше по ним учиться.